Flatpak - изолированная среда
Flatpak - это утилита для развёртывания, управления пакетами и виртуализации для Linux. Предоставляет специально выделенную, изолированную среду, в которой пользователи могут запускать приложения без влияния на основную систему.
Для работы с утилитой Flatpak пакеты могут использовать как Flathub (репозиторий разработчика), так и сторонние репозитории. Библиотеки приложений могут находиться в одном пакете вместе с приложением или же в окружениях, общих для нескольких пакетов.
Snap - изолированная среда для запуска приложений
Snap — это пакет, который помимо готовой сборки самого приложения, включает в себя все необходимые зависимости и может работать практически в любом дистрибутиве Linux.
Когда вы устанавливаете в систему приложение из Snap-пакета, установка не влияет на другие пакеты и приложения. То есть такое приложение работает в своей «программной среде», но при этом оно может взаимодействовать с другими программами в системе.